Sebagai informasi, Pengasuh Ponpes Al-Muayyad Windan Kartasura itu menghembuskan nafas terakhir di Jakarta, Sabtu (1/12022) sekira pukul 17.30 WIB. Sebelum meninggal, kesehatan KH Muhammad Dian Nafi’ sempat menurun setelah pulang ibadah haji tahun 2022. Beliau sempat dirawat di RS UNS dan RSUD Moewardi Surakarta.
Sejak 14 September 2022 beliau dirawat di RSPAD Gatot Soebroto Jakarta dan kondisinya sempat membaik. Pada 28 September 2022 almarhum diizinkan untuk rawat jalan dan tinggal di Jakarta ditemani oleh istrinya dan tiga santri. Almarhum juga diketahui memiliki riwayat sakit diabetes dan lambung.**
